Omikron - nowy wariant wirusa SARS-CoV-2

Omicron to nowy wariant koronawirusa covid-19, który powstał w wyniku jego mutacji genetycznej. Co o nim wiadomo do tej pory?

Omikron - co to za nowy wariant koronawirusa?

26 Listopada, światowa organizacja zdrowia ogłosiła obecność nowego wariantu Omikron. Mutacja genetyczna wirusa może mieć wpływ na cechy takie jak łatwość przenoszenia się czy ciężkość przebiegu choroby. Bazując na dostępnych źródłach medycznych, szacuje się, że wariant ten rozprzestrzenia się łatwiej od oryginalnego wirusa SARS-CoV-2. Póki co, nie można porównać jego zakaźności z wariantem Delta. Zbyt mało jest również informacji o ciężkości przebiegu choroby. Obecnie dostępne szczepionki chronią przed ciężkim przebiegiem choroby, hospitalizacją i śmiercią. Do tej pory dostępne są jedynie badania przeprowadzone w Afryce Południowej. W pierwszym badaniu epidemiologicznym retrospektywna analiza danych z rutynowego nadzoru epidemiologicznego sugeruje, że nowa odmiana może wiązać się ze wzrostem ryzyka ponownego zakażenia po pierwotnym zakażeniu. Ten wynik, uzyskany na podstawie danych 35 670 podejrzewanych reinfekcji wśród 2 796 982 osób z potwierdzoną laboratoryjnie infekcją SARS-CoV-2, sugeruje, że wariant Omikron ma zdolność „unikania” odporności na wcześniejsze zakażenie.

Niewiele wiadomo na temat cech, które mogłyby ułatwić jego rozprzestrzenianie się. Wariant Omikron wykazuje ponad 30 mutacji prowadzących do zmian aminokwasowych w sekwencji Spike, z których 15 znajduje się w domenie wiążącej receptor (RBD), kluczowej dla interakcji wirus-komórka za pośrednictwem receptorów ACE- 2 . Podjęto próbę wnioskowania w celu określenia szybkości transmisji na podstawie sekwencji genów. Dane te wskazują na skupisko mutacji w miejscu S1–S2, które mogą zwiększać zakaźność wirusa. Ponadto badania dokowania wykazały, że połączenie mutacji w RBD dałoby wysokie powinowactwo wiązania z ludzkim ACE2 tego wariantu. Aby potwierdzić te hipotezy, potrzebne są badania in vitro. Aby zastąpić wariant Delta jako główny wariant krążący, potrzebny byłby ogromny wzrost infekcyjności i/lub przepuszczalności wariantu Omicron.

Czy testy wykrywają zakażenie nową wersją wirusa?

Testy RT-PCR wykrywają infekcję nową formą koronawirusa. Wyjątkiem jest specyficzne uszkodzenie genu S (SGTF) obserwowanego w teście Thermo Fischer TaqPath COVID-19 z powodu usunięcia w pozycji 69–70 kolca sekwencji, tak jak poprzednio zaobserwowano w wariancie Alpha. Z tego powodu wykonuje się testy ukierunkowane na co najmniej dwa różne regiony genomowe sekwencji SARS-CoV-2 w celu zapobiegania fałszywie ujemnym wynikom testów. Jeśli chodzi o testy oparte na wykrywaniu antygenu, większość z nich to szybkie testy oparte na wykrywaniu antygenu nukleokapsydu (N), aby zapobiec unieważnieniu przez zmienność białek wypustek. Nadal nie wiadomo, czy te mutacje mogą wpłynąć na zdolność szybkich testów do wykrywania wariantu Omikron, ale niektóre firmy już poinformowały w komunikacie prasowym, że nie miało to wpływu na ich testy antygenowe. Ogólnie jednak wiadomo, że testy antygenowe są mniej czułe niż testy RT-PCR. Jak zwykle, negatywne wyniki testów antygenowych w kontekście wysokiego podejrzenia infekcji należy potwierdzić testem RT-PCR. Zaleca się wówczas preferowanie testów RT-PCR, gdy podejrzewa się potencjalną infekcję.

Czy szczepionki są nadal skuteczne przy wariancie Omicron?

Ze względu na wysoką częstotliwość mutacji, istnieją obawy o potencjalną ucieczkę immunotogiczną wirusa. Rzeczywiście, gromadzi on substytucje aminokwasowe w pozycjach, o których już wiadomo, że biorą udział w ucieczce immunologicznej - E484 (E484A dla wariantu Omicron, E484K dla wariantów Beta i Gamma). Pełna kombinacja mutacji obserwowanych w genie spike Omicron nie była wcześniej badana, a jej wpływ na ucieczkę immunologiczną pozostaje do ustalenia.

Laboratoria farmaceutyczne już oceniają skuteczność swoich szczepionek przeciwko temu nowemu wariantowi (Moderna, Pfizer i AstraZeneca), a niektóre z nich wspomniały, że w razie potrzeby mogą dostosować swój projekt szczepionki (komunikat prasowy; dr Sahin, BioNTech; dr Hoge, Moderna). Ponieważ słabnięcie odporności wywołanej szczepionką jest obecnie dobrze udokumentowane, niezwykle ważne jest otrzymanie dawki przypominającej, aby stawić czoła już trwającemu i prawdopodobnie przyspieszającemu wzrostowi zachorowań, niezależnie od krążącego wariantu. Wstępne badania laboratoryjne przeprowadzone przez firmę Pfizer wykazują, że trzy dawki szczepionki neutralizują wariant Omicron (linia B.1.1.529), podczas gdy dwie dawki wykazują znacznie obniżone miana neutralizacji. Dane wskazują, że trzecia dawka BNT162b2 zwiększa miana przeciwciał neutralizujących 25-krotnie w porównaniu z dwiema dawkami przeciwko nowej mutacji. Miano przeciwciał po podaniu dawki przypominającej są porównywalne z tymi obserwowanymi po dwóch dawkach przeciwko wirusowi typu dzikiego, które są związane z wysokim poziomem ochrony

Ponieważ 80% epitopów w białku wypustkowym rozpoznawanych przez limfocyty T CD8+ nie jest dotkniętych mutacjami w wariancie Omicron, dwie dawki mogą nadal indukować ochronę przed ciężką chorobą.

Firmy nadal rozwijają szczepionkę specyficzną dla wariantu dla Omicron i spodziewają się, że będzie ona dostępna do marca na wypadek konieczności dostosowania w celu dalszego zwiększenia poziomu i czasu trwania ochrony – bez spodziewanych zmian w czterech firmach.

Czy szczepienie heterologiczne może pomóc w rozszerzeniu i wzmocnieniu ochrony przed nowymi wariantami?

Dowody z badań dotyczących szczepień heterologicznych sugerują, że połączenie szczepionek wektorowych i szczepionek mRNA powoduje wytwarzanie dobrego poziomu przeciwciał przeciwko COVID-19 (SARS-CoV-2) i większą odpowiedź komórkową niż przy użyciu tej samej szczepionki (szczepienie homologiczne) w schemacie podstawowym lub przypominającym. Ponieważ odporność komórkowa jest skierowana przeciwko różnym epitopom wirusów, możemy założyć, że ewolucja patogenu może nie mieć tak dużego wpływu jak odporność humoralna. Wiemy już, że szczepionki przeciw COVID-19 zmniejszają częstotliwość infekcji i mają dużą skuteczność w zapobieganiu ciężkiej postaci choroby.

Obecnie istnieje zbyt wiele czynników zakłócających, aby porównywać pacjentów z wariantem Omicron w Afryce Południowej z pacjentami zakażonymi innymi wariantami. W rzeczywistości ciężkość i śmiertelność COVID-19 różnią się znacznie w zależności od kraju, częstości szczepień, cech populacji, w tym wieku, poziomu społeczno-ekonomicznego lub chorób współistniejących, wytycznych postępowania medycznego lub liczby jednoczesnych przypadków prowadzących do przeciążenia systemu opieki zdrowotnej.

Przypisy

1. Pulliam, Juliet RC, et al. "Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa." medRxiv (2021).
2. Ferré, Valentine Marie et al. “Omicron SARS-CoV-2 variant: What we know and what we don't.” Anaesthesia, critical care & pain medicine, vol. 41,1 100998. 10 Dec. 2021
3. Kandeel M, Mohamed MEM, Abd El-Lateef HM, Venugopala KN, El-Beltagi HS. Omicron variant genome evolution and phylogenetics. J Med Virol. 2021 Dec 10.
4. Kumar S., Thambiraja T.S., Karuppanan K., Subramaniam G. 2021. Omicron and delta variant of SARS-CoV-2: a comparative computational study of spike protein. 2021
5. Kherabi Y., Fiolet T., Rozencwajg S., Salaün J.-P., Peiffer-Smadja N. COVID-19 vaccine boosters: what do we know so far? Anaesth Crit Care Pain Med. 2021
6. Goldberg Y., Mandel M., Bar-On Y.M., Bodenheimer O., Freedman L., Haas E.J., et al. Waning immunity after the BNT162b2 vaccine in Israel. N Engl J Med. 2021
7. Gong S.Y., Chatterjee D., Richard J., Prévost J., Tauzin A., Gasser R., et al. Contribution of single mutations to selected SARS-CoV-2 emerging variants spike antigenicity. 2021